陸地上圍剿怪獸的戰鬥是如火如荼進行着，與之相比，海上的戰鬥更爲激烈。在確定了怪獸出現的海域後，海軍艦艇從四面八方圍了過來。繼185號艦後，又有兩艘東海艦隊，舷號爲187、189的052型驅逐艦和兩艘舷號爲610、612的056型護衛艦相繼出現在海衛市海域，加上原來就在這一海域巡邏的，噸位較小的快艇，已經有近十艘軍艦匯聚在一起，戰鬥力足夠進行一場大海戰了。
擔任海上臨時指揮的，是最先發現怪獸蹤跡的185號驅逐艦。185艦的艦長徐永源大校是位身材魁梧，相貌堂堂的中年人，由於長年累月在大海裏漂泊，皮膚被曬得黑裏透紅。一直以來，國家對海軍的建設是相當重視，每年都會舉辦無數次各種類型的軍事演習，每次演習都要求儘量貼近實戰，因此就算是在和平年代，徐永源和他的艦艇也不缺乏作戰經驗。
可這次不同，在海洋裏與怪獸作戰，是世界軍事史的第一次，沒任何經驗可借鑑。中國軍人有着鋼鐵般的意志，自打穿上軍裝的那一刻起，代表的就是國家與人民利益。捍衛國家領土完整，保障社會安定，是軍人神聖的職責。與來犯之敵戰鬥，是每個軍人必盡的義務，有經驗固然好，就算沒經驗他們也不會退縮。做爲一名優秀指揮官，徐永源保持着與以住一樣的冷靜，他審時度勢，決定採用對付潛艇的辦法來對付潛伏在海底的怪獸。
在深海裏與怪獸戰鬥的難度，遠比在陸地上與怪獸戰鬥的難度要大上許多，052型驅逐艦是中國最先進的水面艦船之一，可是說整艘艦就是一個武器平臺，上面滿載各型號武器，對空對海的都有，就連對付潛艇的導彈都有兩種。可惜這些武器對鋼鐵製造的艦船纔有用，怪獸的身體是血肉構成，隱匿在深水中靈活遊動，導彈根本沒辦法鎖定它們。
現在的戰鬥一點不對等，就如一個攜帶上刀、槍、駑、劍等各式武器的武士，卻遭到一隻小蚊子欺負的那樣，儘管裝備多，可除了巴掌，其他武器根本用不上。再加上人家根本不跟你接觸，靈活地繞着圈子逗你玩，讓你徒有一身力氣也乾着急。
無奈之下，艦隊只能採用最原始，也是效能最爲低下的辦法，用深水炸彈炸。深水炸彈的準確性不高，作戰效率非常低下，只能依靠數量來彌補。他指揮着所有艦艇，把船上裝載的深水炸彈不要錢似的往海裏扔，此時海底裏的怪獸數量衆多，艦船上的聲納顯示器上鋪滿紅點，投彈時基本都不需要瞄準。不但海上的艦船在攻擊，岸上的海航大隊還派出了兩架的大型轟炸機前來助陣，一時間海衛市附近海面上到處都是轟隆隆的爆炸聲，深水炸彈爆炸時湧起的巨浪，衝得在這一海域航行的艦船都是搖搖晃晃的，像是航行在十級風暴的中央。
艦隊加轟炸機都炸了半天了，效果並不理想，海面上只浮起少量的怪獸屍體，聲納顯示器上的紅點數量仍然不見減少。
艦隊的攻擊激起了海底怪獸的反擊，海面上出現了長長的觸鬚和半潛在水面下，黑長的海怪身影。軍艦除了導彈之外還有艦炮和火箭等近戰武器。做爲價格以億來計算的艦船的最後防卸力量，軍艦裝備的艦炮無論是射速、還是攻擊力均比陸地火炮強。見到怪獸上浮到了水面，徐艦長命令各艦拉開安全距離，用艦炮進行攻擊。
052型驅逐艦船首的100mm口徑速射炮，以20發/分鐘的速度射向從海裏伸出來的觸鬚。其他艦艇的火炮口徑比052型驅逐艦的較小，導彈快艇艦首的火炮口徑只有30mm，但快艇上的火炮射速更快，400發/分鐘的炮彈擊打在海面上，形成朵朵怒放的花朵。海怪生命力頑強，升出海面的觸鬚被炮彈射中，從中折斷成幾截，掉落在海裏依然如蛇一般的在蠕動。
海洋的面積廣，資源豐富，特別是深海地區，受到人類的污染幾乎爲零，因此海底怪獸的進化層度遠比陸地怪獸的更加完美，層級也更爲的高級。這次攻擊海衛市的的海底怪獸裏面就有進化過五次的怪獸，他們的實力才恐怖。
這時有怪獸衝着一艘快艇喫水線下的船體撞去，撞擊快艇的就是一頭經過了五次進化的“種子”。這頭“種子”外形像與普通鯨魚相似，但有又不同，“種子”的頭部巨大，高高隆起的腦袋彷彿像是長着一個肉瘤，軀體比快艇還要長一倍。五進鯨魚“種子”速度很快，半潛在海面上，如一艘急速前行的潛水艇一般，湧起層層波浪，在他的軀體在與導彈快艇接觸時，巨大的撞擊力擊起了滔天巨浪，導彈快艇被撞得整個船體擡出水面，位於喫水線下的龍骨裂開了一個大大的缺口。等導彈艇再次掉落回大海時，海水灌入的密封艙，導彈快艇傾斜的船弦都與海面連接到了一起。
鯨魚攻擊完後轉身潛入海底，離開時，他那能遮蓋住半個天空的巨大尾鰭露出水面，重重在拍打在海面上，再次掀起了一道數十米高的巨浪，把已經傾斜導彈快艦徹底的掀翻，整條龍骨露出海面，稍稍停頓一會兒，又慢慢地向大海深處滑去。
看到已方艦艇被海怪擊沉，徐永源心中甚爲震驚，導彈快艇再小也有幾百噸重，可沒想到被海怪一次撞擊就擊沉，對於對手，他有了新的認識。他趕緊下令所有小型艦艇在戰鬥中要與海怪保持距離，注意自身的安全。同時他又命令185號驅逐艦靠上即將沉入大海的導彈快艇，盡力挽救落水官兵。可當1驅逐艦靠近時，導彈快艇已沒入海底，這片海域裏面出現了大片海怪，密砸砸交集在一起，擺動着黑魆魆的背脊不停蠕動，瞬息間，導彈快艇上的21位官兵全部葬身於海怪腹中。看到這樣的慘境，徐永源悲憤填膺，怒火中燒，命令着艦上的戰士對把剩下的深水炸彈全部投入到這片海域，反潛火箭也如雨點般的射擊，剎那間，海面上又是一道道巨浪湧現。
怪獸似乎找到艦隊弱點，又有導彈快艇受到圍攻，一艘導彈快艇被兩條几十米長的海怪纏繞着，正在向海底拉，另一艘052型驅逐艦187號正在解救。見情況緊急，徐永源顧不上報仇，命令自己的艦船趕去增援。
徐永源站在駕駛室邊的廊橋上，透過望遠鏡察看着遇險的導彈快艇，那是什麼樣的怪獸呀，長長的身軀像蛇一般的纏繞在導彈快艇的艦首和艦尾上，根本不管快艇上士兵射出的子彈，導彈快艇艦首和艦尾明顯的被怪獸纏繞的變了形。187號驅逐艦正用艦上的密集陣火炮向海怪射擊，密集陣火炮專門是驅逐艦最後一道防線，由7根30mm炮管組成，射速可達到10000發/分鐘。密集陣火炮雖然撕不破海怪的身體，但密集的子彈擊打在上面，也讓海怪承受不住。徐永源指揮着185號驅逐艦剛掉頭，導彈快艇已經被187號艦成功的解救出來。解救出來的導彈快艇艦首和艦尾已經嚴重變形，船身也開始浸水，不得不退出戰鬥。
可這邊的困局剛解，另一邊又出現了新的狀況，一艘056型護衛艦610號受到海怪襲擊。056型護衛艦滿載的排水量達2000噸，海怪無法撞擊和纏繞，它們聰明的選擇攻擊護衛艦喫水線下的動力裝置，海怪絞斷了螺旋槳與艦身相連的橫杆，令到610號護衛艦失去動力，接着又向着護衛艦的噴射能腐蝕船體的毒液，致使610號護衛艦的船體破損，已有海水浸入，再不處理，護衛艦支撐不了多久。
聽到這個消息後，徐永源艦長當場被嚇得魂飛魄散，動力裝置可是所有艦艇的弱點，如果海怪都採用這樣的方法破壞船隻，那麼整支艦隊沒有一艘軍艦能夠逃得出海怪的魔掌。現在船隊面臨的不是剿滅了怪獸，反而有可能出現全軍覆沒的危險。徐永源也是個狠人，當即命令所有的軍艦退出戰場，自己則率領着乘坐的185號驅逐艦前去救援。每一艘軍艦都是國家寶貴的財產，價值不菲，製造不容易，在沒有找出有效對付海底怪獸辦法之前，儘量的要保證艦船自身的安全。
當然，徐永源船長也沒有忘記把自己的決定向總參彙報。海衛市海域發生的戰鬥時，有無人駕駛飛機在全程的監控，總參的作戰室知道海域發生的一切，他們同意了徐永源決定，只是要求儘可能的把610號護衛艦安全帶回港口。
徐永源指揮着185號驅逐艦謹慎的向610號靠攏，失去動力的610號護衛艦如浮萍般的在大海中飄浮着，孑然淒涼。610號上的深水炸彈和反潛火箭彈在先前戰鬥中已經用完，此時只能用艦首的70mm口徑艦炮有一發沒一發的發射着炮彈，無力的攻擊着海中怪獸。艦炮是有仰角的，對圍繞在艦體周邊的海怪沒有威脅。在610號艦附近的海域，成羣結隊的聚集着密密麻麻的怪獸，透過湛藍海水望下去，怪獸黑魆魆的背脊層層疊疊壘在一起，那情形令人驚悚。徐永源所乘坐的185號艦，偃旗息鼓地悄然接近610號護衛艦，沒有進一步的去刺激海底怪獸。
610號護衛艦雖然沒有動力，但其他的設備依然可以使用，徐永源跟610號護衛艦艦長已做好溝通，由610號繼續的吸引怪獸，掩護185號驅逐艦的行動。
在距離610號還有兩海裏的時候，185號艦的艦載直升機就把纜繩送到了610號艦上，兩艘一起開動絞纜車，一條粗大的纜繩唰的一下從海裏升起，那動靜引得海裏的怪獸蠕動的更加的厲害。185號艦的排水量是610號護衛艦的5倍，此時又開足馬力，610號艦被緩緩的帶動起來，速度慢慢的加快。
海怪當然不會放過自己的獵物，數根出長長的觸鬚從海裏伸出來搭在610號艦的船弦，企圖再次把610號艦拽停。在纜繩成攻連通610號艦後，185艦再不需隱藏自己，艦上密集陣火炮向着怪獸觸鬚發射出密集的子彈。610艦和185艦的艦載直升機此時也把僅乘的深水炸彈拋入海中，遲滯怪獸的行動。由於海怪與610艦靠得太近，185號火炮雖然成功制止怪獸阻攔610艦的行動，但還是有不少炮彈落在了610艦的側弦上，把610艦側弦鋼板打成馬蜂窩。採用這種殺敵一萬，自損七千的戰法也是沒辦法的事，至少將損害降低到最低，不至於讓610艦落入海怪魔掌。
天空中有更多的飛機趕過來助戰，直升機和殲擊機都有，在各方共同努力下，610號護衛艦艱難地成功到達港口。
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